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《轩辕剑贰》的故事紧接《轩辕剑 壹》，讲述《轩辕剑 壹》未讲完的故事：
何然等一行人不断斩妖除魔，却在古月圣化为原型之后，开始思考妖魔的善恶，以致于面对恶神巴蛇对人类的指责时，何然等人竟无法应答。眼中只有黑白二色的杨坤硕，在与武氏兄弟争轩辕剑帮帮主时，也不忍对无战斗力的妖魔下手。于是大家就想：这样打下去也不是办法呀，难道人和神魔之间就不能和平共处么？壶中仙说：我也有同样的想法，昆仑仙境的造物仙鼎记载有该方法，我们一起去找吧......
在《轩2》中，自从小何失陷炼妖壶之后，小江对小何的感情就完全表现出来，后期一些支线任务，多是撮合姻缘的，期间小江不停的向小何表态、试探，而这榆木嘎瘩竟然完全不为所动：“感情是勉强不来的，只有顺其自然了。”咋就没有美女来勉强俺呢？可怜小古在一旁感叹：“问世间情为何物，......”
收拾完壶中仙之后，小江终于对小何彻底失望，于是选择回家给妹妹讲故事。然而，小江却始终无法忘记小何以及和小何等人一起行侠仗义的日子......
为啥是这样一个结局？难道和蔡魔王的经历有关？女娲大神也好不容易来下界一回，咋就不做点好事呢？大家别误会了，我不是那个意思，我的意思是：有一件现成的好人好事摆在她面前，可是她没有去做。
《轩2》中4个主角的头像也很有趣。何然，第一男主角，当然是正面的，中规中矩；江如红，第一女主角是90%正面，水汪汪的大眼睛，似乎随时都在以眼睛的余光观察何然；古月圣就惨了，因为是第二男主角，所以是75%侧面；而杨坤硕更惨，除了和武氏兄弟争帮主之外，几乎没什么戏，头像也是50%侧面，还好DOMO没给杨坤硕一个后脑勺。
《轩2》中的一些新要素：
1.改良的键盘操作：轩2改良了轩1的键盘操作，奠定了轩辕剑系列的操作模式。
2.炼妖壶：这个时候的炼妖壶也只有收化和召唤还算好用。炼化很难炼出好的东西，一般来说可以通过石块、泥巴、人骨、人发、木材等给低级怪物升级，用朱砂给高级怪物升级。
3.迷宫中的存盘点、补血点：不过这时的存盘点只能存盘，补血点也大多是一次性的，还没明显的标记，类似于隐藏物品。
4.祭符系统：在当时的战斗模式下，该系统表现的相当不友好，选择一些依赖于符的奇术时，不会有提示，使用时，游戏才告诉你：“需要X媒介......”宝贵的一回合就这么浪费了；更有甚者，一些攻击性物品，扔出去就不见了，然后提示你“需要X媒介......”
5.法宝：这个时候的法宝还不能称之为法宝，随便什么东西都可以装备在法宝栏，瓷器、铜镜等等，作用也无非是加一些攻击防御等属性。
6.隐藏物品：玩《轩2》的时候，根本没想到会有隐藏物品，都是玩《天》时的后遗症，到处翻，结果还真翻到了隐藏物品。不过《轩2》中的隐藏物品远远不如《天》中的多。
7.轩辕菜刀：在这里为大厨古月圣专用。
8.DOMO工作室：去工作室的路是一条海上暗道，七折八绕，途径一个番薯型的岛屿（疑为放大后的钓鱼岛）之后，在继续走，就到了台湾的DOMO工作室。此时DOMO工作室有：李永进、蔡魔王、鲍弘修、林克敏、罗国成、陈文威、陈彦志、蔡大胜、薛向前、姜崇熙、王姿懿、张孝仪、陈志祥、张文忠。DOMO的绝世奇学：狂龙跌象拳/法、跛象扑虎功、惊虎吞狗掌、疯狗咬猫拳。
9.五行药材，供特殊奇术使用。《枫》之后就结束了其短暂的一生。
10.S/L大法神威初显：推荐买装备时使用，否则，就眼睁睁的看着钱包变空吧！
11.大禹水道：经典迷宫。
12.轩辕剑现身：终于在最后一战，轩辕剑到手，不过这个是强制装备，根本来不及看拿到轩辕剑之后比原来强了多少。
